习近平在福建工作期间，重视对台工作，对闽台各项合作交流作出了一系列重要指示——

1997年9月26日至27日，时任福建省委副书记的习近平在参加省委六届七次全体（扩大）会议分组讨论时指出，与台湾仅一水之隔的福建，可以而且应该为祖国和平统一作出更大的贡献。要多做寄希望于台湾人民的工作，积极向台湾同胞宣传祖国新貌，消除隔阂与误解，唤起他们的爱国热情；要继续发挥福建省的区位优势，加强闽台经贸、农业合作与交流，搞好直航试点工作，为两岸“三通”作准备；要继续推动闽台文化、民俗交流，促进两岸人心凝聚，为祖国和平统一创造条件。

1997年9月29日，时任福建省委副书记的习近平到扶贫挂点的平潭县调研时指出，平潭县的主要优势在于海洋，而且邻近台湾。对台交流密切，潜力很大。平潭县应充分利用独特优势，做好建设海上平潭的详细规划，并付诸实施。

1997年10月8日至9日，时任福建省委副书记的习近平在厦门、漳州调研。在谈到如何扎实推进闽台经贸合作交流时，强调应在五个方面狠下功夫：一、在对台招商引资力度上下功夫，引导闽台经贸合作向纵深发展；二、在加快闽台产业合作上下功夫，促进闽台产业结构优化和升级；三、在办好台商投资区和台资企业上下功夫，不断改善投资环境，发挥以台引台的示范作用；四、在民间交流上下功夫，加强台湾问题研究，促进闽台科技文化合作与交流；五、在加快福州厦门港区建设上下功夫，充分发挥两岸直航试点的影响和辐射作用。

1998年3月17日至19日，时任福建省委副书记的习近平到连江、罗源、闽侯3个县的9个乡镇调研。他指出，要积极推进闽台经贸合作上新水平，尤其要促进闽台农业合作的发展。要进一步扩大引进台湾优良种子种苗和先进技术设备、经营管理经验，借助台资和台湾农业新品种、新技术，积极探索适应本地自然环境的高产优质农业发展模式，继续扩大闽台农业专家、科技人员多领域、多层次的学术交流。

2001年4月26日，时任福建省省长的习近平在全省对台经济工作座谈会上强调，拓展闽台经贸合作是增强福建省经济发展后劲的一个重要途径，要继续发挥对台优势，把握对台机遇，挖掘对台潜力，重唤积极利用台资热情，再树闽台经贸合作雄风，使福建省利用台资有新的起色，开创闽台经贸合作新的局面。